故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验

1，因驾驶失误，富商爱德华（Bruce Payne 饰）的妻子爱玛（Denice D. Lewis 饰）不幸死于车祸，极度伤心和内疚的爱德华通过《死亡之书》的帮助，使爱玛复活。然而事情的发展却出乎他的

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　　美丽善良的爱丽丝（布兰特妮·斯诺 Brittany Snow 饰）为钱费劲心思，她的弟弟雷利（洛根·米勒 Logan Miller 饰）罹患重病，急需进行骨髓移植。在这般困难时节，她受到名为薛普•

爱德华博士是一位有虐待癖的科学家，与其助手杰弗瑞发明了可以透视外层空间的机器。 　　一次实验中爱德华博士被外层空间的怪兽吃掉头颅，致使杰弗瑞被警方嫌疑，警方派出了警官肯和美丽的精神科医生芭芭拉调查。

一个古老的恶魔苏醒了，只有布鲁斯·韦恩才能拯救20世纪20年代的哥谭市。

荷拔韦斯医生和他的助手丹凯恩再次尝试使死人复活，他们找来密斯科汤尼克医学院大屠杀的死人肢体，这次要把丹前任女友的心脏，放进“组装完美”的身体里，试图重造他的女友，但却发生意想不到的结果，而希尔医生只剩